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Sequenziamento Del DNA

 

Un nuovo campo di studio, chiamato epidemiologia genomica, sta approfittando dei costi in rapida diminuzione delle tecniche di nuova generazione di sequenziamento del DNA, al fine d'informare meglio gli operatori sanitari riguardo alle epidemie in corso. Anche se i ricercatori avvertono che la genomica, da sola, non può sostituire l'epidemiologia tradizionale, mostrano il valore ed il potenziale dell'utilizzo di questi strumenti di analisi e sequenziamento dei dati, come metodi compagni per i funzionari della sanità pubblica nel far luce sui focolai.

Per combattere i focolai delle malattie, gli operatori sanitari spesso usano il loro minuzioso lavoro sul campo per cercare di stare un passo avanti alle infezioni da microrganismi, correlando i sintomi dei pazienti alle origini delle infezioni, al fine d'identificare rapidamente gli agenti responsabili. Il Dott. Didelot ed i suoi colleghi hanno sviluppato un avanzato e versatile strumento di calcolo che può utilizzare non solo i dati genomici, ma anche essere personalizzato per aggiungere informazioni ponderate riguardanti l'epidemiologia, come i tempi d'infettività, il livello d'infettività, la posizione geografica, etc. Il gruppo di ricerca ha testato l'affidabilità di questo nuovo strumento con un database proveniente dal mondo reale, per ricostruire la trasmissione di un focolaio di Micobacterium tubercolosis.

Gli autori Jennifer Gardy, Caroline Colijn e Xavier Didelot hanno affermato: "Siamo all'inizio di una nuova era nell'epidemiologia della salute pubblica, dal momento che la genomica ci dà la capacità di ricostruire i focolai in maniera di gran lunga più dettagliata e precisa rispetto al passato. Questo documento affronta una questione importante, ossia quanto siano affidabili le sole informazioni su un focolaio provenienti da dati genomici. Questo offre ai funzionari della sanità pubblica un nuovo strumento al loro kit da detective."

Con questo strumento, hanno scoperto di essere in grado di cogliere meglio alcuni aspetti dell'epidemiologia nota. Ad esempio, il loro metodo può individuare correttamente il caso iniziale più probabile e diversi nodi chiave di trasmissione.

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